В структуре образовательной деятельности вуза со дня его создания предусмотрены четкие требования к учебной работе студентов и их контрольным и выпускным квалификационным работам по научному уровню этих работ и практическому применению. Этому способствовали именные стипендии студентам (президента, ректора, попечителей). Лучшие работы студентов и аспирантов публиковались в регулярных сборниках «Вестник МНЭПУ.Научные труды», «Сила сомнения – радость познания. Труды студентов, аспирантов и молодых ученых».
В аспирантуре МНЭПУ по направлениям политология, экономика, юриспруденция в 1998-2017гг. прошли обучение 230 выпускников МНЭПУ и др. вузов.

Диссертационными советами по экономике и по техническим наукам (экологическая безопасность в энергетике) в этот период рассмотрены и утверждены 27 работ на соискание ученой степени кандидатов экономических и технических наук.

Вузом реализованы социально значимые научные проекты, среди которых: «Россия в ХХ1 веке: проблемы идентификации и национальных целей»(Индексы, экспертиза. рекомендации), «Концепция наилучшей доступной технологии обращения с ТКО, утилизации и производства готовой товарной продукции», «Международный молодежный центр ЭКО-кампус «Диалог поколений», «Экологическое образование для устойчивого развития в высшем учебном заведении», «Просветительский проект «Иди и смотри!», международный издательский проект совместно с университетом г.Ниш «Опыт экологического образования в России и Сербии» и др.

Совместно с научными организациями РАН и вузами-партнерами МНЭПУ подготовлены и проведены крупные международные научные конференции (форумы): «Права человека в России: декларации, нормы, жизнь. К 50-летию Всеобщей декларации прав человека» (1999г.); «Вторая мировая война и современный мир»(2005г.); «Глобальные проблемы экологической безопасности современной энергетики» (2006г.); «О необходимых чертах цивилизации будущего (2007г.), «Неизвестная война – Первая мировая война» (2013-2016гг.), «Экологическая безопасность Донецкого бассейна» (2016г.) и др.
В 1994-2017гг. МНЭПУ — организатор (совместно с общественной экологической организаций Российский Зеленый крест) ежегодных международных и общероссийские научных конференций по вопросам экологического образования для устойчивого развития ( проведено 25 конференций).

Научная школа академика Н.Н. Моисеева в МНЭПУ

Деятельность Н.Н. Моисеева, как президента вуза и руководителя своей научной школы способствовала осуществлению планомерной педагогической, просветительской и научно-исследовательской работе университета, методическому обеспечению экологического воспитания молодежи, исследованиям социально-политических последствий экологического кризиса, подготовке экспертных оценок и прогнозов для Министерства охраны окружающей среды и природных ресурсов РФ, Государственной Думы РФ, Парламентского собрания Союза Белоруссии и России, Межгосударственного экологического совета стран СНГ.

Основой научной школы Н.Н. Моисеева стал медологический семинар ученого (с 2000 г. – моисеевские чтения). Семинар начал работу в 1994 г. в Политехническом музее и сразу привлек внимание ученых академических и отраслевых институтов, преподавателей вузов Москвы и других российских городов. На семинаре/чтениях выступали с докладами и научными сообщениями академики: Акаев А.А., Гусейнов А.А., Евтушенко Ю.Г., Залиханов М.Ч., Захлебный А.Н. (РАО), Львов Д.С., Нигматулин Р.И., Степин В.С., Урсул А.Д., известные ученые, профессоры: Барановский С.И., Баркова Э.В., Ванюрихин Г.И., Дзятковская Е.Н., Зворыкин Б.Д., Кунле Г.(ФРГ), Купцов В.И., Макналти Д.(США), Мамедов Н.М., Маринова П. (Великобритания), Маркович Д.Ж. (Сербия), Марфенин Н.Н., Маскевич С.А. (Беларусь), Панарин А.С., Перович Д. (Эстония), Петрищев В.Н., Петросян В.С., Риккетс М.(Великобритания), Сосунова И.А., Тарко А.М., Туренко Ф.П., Черняховский С.Ф., Чумаков А.Н., Янчук Т.Ф. (Беларусь) и др. С 2000 г. моисеевские чтения проводились на различных площадках академических и образовательных учреждений: в РАН, Институте философии РАН, РАГС при Президенте РФ, Геологическом музее РАН им. В.И. Вернадского, МНЭПУ. В 2017г. в г. Тольятти состоялась первая летняя моисеевская экологическая школа под научным руководством академика РАН М.Ч. Залиханова, члена-корреспондента РАН Г.С. Розенберга и профессора А.М. Тарко.

Важные вехи в работе научной школы Н.Н. Моисеева:

— Международный научный форум «О необходимых чертах цивилизации будущего», посвященный 90-летию со дня рождения Н.Н. Моисеева (организаторы: МНЭПУ, ЦДУ РАН, ВЦ РАН им. А.А. Дородницына, 2007 г.);
— Первая летняя экологическая моисеевская школа «Универсальный эволюционизм Н.Н. Моисеева и современная научная картина мира» (организаторы: МНЭПУ и НИИ экологических проблем Волги РАН, 2017 г.);
— Торжественное заседание в РАН «Академик Н.Н. Моисеев и современный мир» посвященное 100-летию со дня рождения Н.Н. Моисеева ( 2017 г.);
— Учреждение президиумом РАН Комиссии РАН по изучению научного наследия академика Н.Н. Моисеева во главе с ректором МГУ имени М.В. Ломоносова академиком РАН В.А. Садовничим (председатель), академиками РАН Ю.Г. Евтушенко и М.Ч. Залихановым (заместители председателя), а также премии РАН имени Н.Н. Моисеева за выдающиеся работы в области теории систем управления и методов оптимизации, а также методологии исследования проблем взаимоотношений человека-природы-общества (2018 г.);
— Международный научно-практический форум «Россия в ХХI веке: глобальные вызовы и решения (организаторы: Комиссия РАН по изучению научного наследия выдающихся ученых, МНЭПУ, факультет глобальных процессов МГУ имени М.В. Ломоносова , 2019 г.);
— ХХVIII моисеевские чтения – международная научно-практическая конференция «Моисеев Н.Н. о России в ХХI веке: глобальные вызовы, риски и решения» (МНЭПУ, факультет глобальных процессов МГУ имени М.В. Ломоносова, ВЦ РАН им. А.А. Дородницына ФИЦ «Информатика и управление» РАН, Томский методический центр, 2020 г.).

С учреждением президиумом РАН в 2018 г. Комиссии РАН по изучению научного наследия академика Н.Н. Моисеева во главе с ректором МГУ имени М.В. Ломоносова академиком РАН В.А. Садовничим (председатель) и академиками РАН Ю.Г. Евтушенко и М.Ч. Залихановым (заместители председателя), а также премии РАН имени Н.Н. Моисеева (за выдающиеся работы в области теории систем управления и методов оптимизации, а также методологии исследования проблем взаимоотношений человека-природы-общества) научная школа Н.Н. Моисеева приобрела институциональный характер.

Моисеевская научная школа это:

1. Фундаментальные исследования:
— методы оптимизации и управления и их приложение к решению практически важных задач;
— система математических моделей для прогнозирования антропогенного воздействия на биосферу, ее природные системы и климат (ВЦ РАН им. А.А. Дородницына ФИЦ «Информатика и управление» РАН),
2. Научно-прикладные исследования глобализации и социальных процессов; Россия в ХХI веке: проблемы идентификации и национальных целей (МНЭПУ);
3. Ежегодные моисеевские чтения по популяризации научного наследия Н.Н. Моисеева;
4. Деятельность Международного независимого эколого-политологического университета (МНЭПУ),
5. Периодические научно-популярные издания:
— Россия в окружающем мире. Устойчивое развитие: Экология. Экономика. Политика. Аналитический ежегодник (МНЭПУ).
— Экология и жизнь. Журнал.
— Экологическое образование в России. Журнал.
6. Издание трудов Н.Н. Моисеева. Только издательством МНЭПУ в 1993-2001 гг. выпущены в свет такие актуальные работы ученого, как:
— Современный антропогенез и цивилизационные разломы. — М., 1994;
— Система «УЧИТЕЛЬ» и современная экологическая обстановка. — М., 1994;
— Историческое развитие и экологическое образование. — М., 1995;
— Современный рационализм. — М. 1995;
— Как далеко до завтрашнего дня…Свободные размышления. — М., 1997;
— Время определять национальные цели. — М. 1997;
— Мировое сообщество и судьба России. — М., 1997;
— Судьба Цивилизации. Путь разума. — 1998;
— Размышления о современной политологии — М., 1998;
— Эволюция цивилизаций и прав человека. — М., 1999;
— Россия в системе государств ХХ1 века. — М. 2001.